口袋奇兵的战斗主要发生在三个核心场景：世界地图的野外资源区、玩家基地攻防战以及特殊活动副本。在世界地图中，玩家通过雷达扫描可发现敌军据点或资源点，点击红框内的战斗图标后进入战斗界面，需合理部署士兵阵容，采用一对一上阵或一键上阵功能，通过兵种克制与英雄技能搭配击败敌方单位。战斗胜利后可占领资源点或获取军级点数等奖励，这是提升战力的重要途径之一。
玩家基地是攻防战的主要舞台，敌方可能通过世界地图发起进攻。基地防御需依托医院、兵营等建筑的等级优势，并在周围布置防御塔与陷阱形成联动体系。城防设置需手动调整，若未设置则由系统随机分配英雄和士兵，导致防御效率大幅降低。士兵等级提升后必须重新设置城防，否则原有配置将失效。基地攻防的胜负直接影响资源储备与联盟贡献度。
特殊活动副本如帝国宝藏巨兽觉醒等提供了高收益战斗场景。例如帝国宝藏分布在资源区内，需按编号顺序依次攻击，每次消耗攻击次数且存在上限；而巨兽觉醒需在限时内完成任务获取巨兽协助。这类副本通常要求玩家提前优化英雄配件，如增伤、减伤或装甲类装备，并根据敌方属性调整兵种克制策略。活动奖励包含稀有道具和英雄碎片，是后期战力突破的关键。
战斗策略的核心在于兵种克制与英雄培养。陆军克制空军，空军压制海军，海军反制陆军，这一循环机制要求玩家根据敌方阵容灵活切换主力兵种。英雄方面，橙色英雄如喀秋莎（陆军）、尼米兹（海军）或丹特（空军）具备高触发率技能，需通过精英招募或碎片合成获取。军级点数可通过击败敌军、完成任务积累，用于晋升军衔以解锁高级战斗权限。
资源管理与联盟协作是持久战的保障。金币与钻石需优先投入金矿和研究所升级，以确保士兵训练与科技研发的连续性。加入活跃联盟可参与联盟守卫战等集体战斗，共享击败高波次敌军的奖励。利用荒野行动永恒之地等跨服玩法，能与全球玩家竞争战略资源，进一步扩大战斗收益的覆盖范围。
口袋奇兵的战斗系统深度融合了即时策略与长期养成，玩家需在动态平衡中优化每一步决策，才能在多维度战场上占据主动。
